Lietuvos Respublikos muitinės sistemą sudaro Muitinės departamentas prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos, Muitinės kriminalinė tarnyba, Muitinės mokymo centras, Muitinės laboratorija, Muitinės informacinių sistemų centras ir trys teritorinės muitinės – Vilniaus,Kauno, Klaipėdos.
Lietuvos muitinės misija – saugoti Lietuvos ir Europos Sąjungos (ES) visuomenę, rinką, aplinką ir finansinius interesus nuo neteisėtos tarptautinės prekybos daromos žalos, sudarant palankias sąlygas teisėtam verslui.

Lietuvos muitinės vertybės:
- partnerystė – patikimas bendradarbiavimas su Lietuvos Respublikos ir ES institucijomis, kitų valstybių muitinėmis ir tarptautinėmis organizacijomis, atviras dialogas su verslu, tarpusavio pasitikėjimo skatinimas, palankių sąlygų teisėtam verslui sudarymas ir verslo pagalba muitinei vykdant savo funkcijas, muitinės pareigūnų komandinis darbas, pasitikėjimas vadovais ir bendradarbiais, pagarba ir atvirumas tarpusavio santykiuose, darnios institucijos kultūros ugdymas;
- profesionalumas – gilios muitinės pareigūnų ir kitų darbuotojų žinios ir įgyti darbo įgūdžiai, modernių muitinio tikrinimo priemonių ir technologijų taikymas, gebėjimas maksimaliai panaudoti savo žinias, įgūdžius ir darbo priemones praktikoje, siekimas nuolat tobulėti, atsakingas požiūris į patikėtas užduotis, iniciatyvumas, motyvuotumas;
- efektyvumas – patikima Lietuvos Respublikos ir ES visuomenės, rinkos, aplinkos ir finansinių interesų apsauga nuo neteisėtos tarptautinės prekybos daromos žalos, metodišku ir sistemingu rizikos valdymu pagrįstas muitinis tikrinimas, ekonominių operacijų vykdytojų, kitų asmenų ir partnerių teisėtų poreikių ir lūkesčių tenkinimas, kokybiškos muitinės paslaugos, naujausių darbo metodų ir priemonių taikymas, racionalus išteklių naudojimas.

Lietuvos muitinės ilgalaikiai strateginiai tikslai :
- visuomenės, rinkos, aplinkos ir finansinių interesų apsaugos srityje – patikimai saugoti Lietuvos Respublikos ir ES visuomenę, rinką, aplinką ir finansinius interesus nuo neteisėtos tarptautinės prekybos daromos žalos, efektyviai įgyvendinti muitinei patikėtas ES muitų ir prekybos politikos priemones ir kitus uždavinius, užkirsti kelią muitų teisės aktų pažeidimams bei kitai neteisėtai veiklai;
- bendradarbiavimo su ekonominių operacijų vykdytojais ir partneriais srityje – plėtoti muitinės partnerystę su ekonominių operacijų vykdytojais ir partneriais, atstovauti Lietuvos Respublikos interesams ES institucijose, kurti palankesnes verslo aplinkos sąlygas, tobulinti muitinės teikiamas paslaugas, plėtoti informacijos sklaidą ir mainus;
- institucijos stiprinimo srityje – didinti veiklos efektyvumą, tobulinti valdymą, ugdyti pareigūnų ir darbuotojų žinias ir gebėjimus, atsakingumą, tarpusavio pasitikėjimą, sąžiningumą, diegti ir taikyti modernius darbo metodus ir priemones, ugdyti darnią institucijos kultūrą.
Lietuvos muitinė, vykdydama Bendrijos tarptautinės prekybos priežiūrą, prisideda prie sąžiningos ir atviros prekybos skatinimo, Lietuvos Respublikos vidaus rinkos apsaugos, visos tiekimo grandinės saugumo užtikrinimo. Glaudžiai bendradarbiaudama su kitomis ES institucijomis, muitinė atlieka itin svarbų vaidmenį:
- remiant teisėtą prekybą ir stiprinant konkurencingumą;
- užtikrinant teisingą muitų ir mokesčių mokėjimą;
- kovojant su klastotėmis ir piratavimu;
- apdorojant informaciją, vertinant prekybos pobūdžio pokyčius ir atliekant rizikos vertinimą,
- apdorojant informaciją, vertinant prekybos pobūdžio pokyčius ir atliekant rizikos vertinimą, kad būtų atskleistos finansinės apgaulės, teroristinė ir nusikalstama veikla, ir taip prisidedant prie kovos su kitų rūšių sukčiavimu, organizuotu nusikalstamumu, narkotikais ir terorizmu;
- saugant aplinką ir piliečius nuo visų rūšių pavojingų prekių.
Informacija atnaujinta: 2011-02-24